侯建，1964年11月出生于江西省南昌市。1985年毕业于浙江大学电机系工业电子技术专业，获学士学位。1985年8月至今，在北京航空工程技术研究中心工作，空军装备研究院航空所科技处高级工程师，历任95899部队某研究所（即空军第一研究所）副总设计师、科技处副处长、副总工程师等职。
长期从事飞机测试保障系统研制，荣获国家科技进步一等奖等重要奖项多项，入选新世纪百千万人才工程国家级人选，享受国务院政府特殊津贴，2006年获第九届中国青年科技奖。2008年获何梁何利基金科学与技术创新奖，2012年获全国优秀科技工作者，2013年获第二届“冯如航空科技精英奖”。中国航空学会理事。
2007年军委主席胡锦涛签署通令，给其记一等功。2016年8月，中央军委主席习近平签署通令，记三等功。2017年7月，被授予专业技术少将军衔。